Nonostante l' appoggio palese della Conferenza Episcopale Argentina e di alcuni sacerdoti al regime militare e alla repressione,  furono numerose le vittime tra i religiosi e tra i laici impegnati in attività di volontariato tra le fasce più povere della popolazione.

Esisteva in Argentina una corrente religiosa postconciliare di forte contenuto sociale orientata al lavoro sociale e spirituale verso le zone più marginali delle città e nelle baraccopoli. Questa era la diretta espressione del Sinodo dei Vescovi dell' America latina che si era svolto a Medellin (Colombia) nel 1967 nel quale si denunciarono l' imperialismo e il neocolonialismo delle ricche potenze occidentali e si decise che la chiesa doveva essere dalla parte dei poveri, come insegna il Vangelo, e rifiutare ogni associazione con i ricchi.
Diverse furono le dirette interpretazioni che i fautori di questa corrente propugnavano. Oltre ad una aperta condanna dei regimi militari e delle potenti oligarchie che detenevano il potere economico ci fu anche chi abbracciò la lotta armata.

Nel 1967 si formò in Argentina il Movimento dei Sacerdoti per il Terzo Mondo che contava 500 adepti, il 9% dei sacerdoti argentini.
Papa Paolo VI favorì questa corrente scegliendo tra i nuovi vescovi molti tra i suoi sostenitori. E così mentre la chiesa guadagnava consensi a sinistra, tra i lavoratori e la gioventù, perdeva consensi nei settori conservatori della società che per frenare questa emorragia utilizzarono i metodi repressivi anche sui religiosi.

Nel Nunca Mas vengono riportati i nomi di 24 religiosi vittime della repressione precisando però che la lista rimane aperta e un numero ancora imprecisato di militanti cattolici laici passarono per i Centri di Detenzione Clandestina per non uscirne mai più.

Un caso particolarmente toccante è quello delle suore francesi Domon Alice e Renèe Duquet della congregazione Missioni Straniere. Le due religiose frequentavano un gruppo di familiari di desaparecidos che si riunivano clandestinamente nella Chiesa di Santa Cruz a Buenos Aires. Tra di loro riuscì ad infiltrarsi il perfido capitano Astiz che si faceva passare come il fratello di un desaparecido conquistando così la loro completa fiducia. Nel dicembre del 1977 furono sequestrate insieme ad altre 10 persone (tra cui le donne fondatrici di Madres de Plaza de Mayo) nella stessa chiesa dove era in corso una riunione con il gruppo dei familiari. Portate alla ESMA furono torturate, violentate,  obbligate a scrivere una lettera alla loro madre superiora e poi lanciate nell' oceano da un aereo.
I resti di Renee Duquet sono stati identificati nel 2005 in seguito all' esumazione di alcune ossa sepolte come NN in un cimitero di una località balneare a sud di Buenos Aires. I resti della suora erano stati sepolti nel piccolo cimitero della città nel 1976 in seguito al rinvenimento di tre corpi sulla spiaggia. Gli altri due corpi sono risultati essere quelli delle Madri di Plaza de Mayo sequestrate insieme alle monache. L' esame medico legale ha stabilito che le fratture delle ossa sono compatibili con una caduta da una grande altezza, a riprova di come i desaparecidos della Esma venissero tirati dagli aerei nell' Oceano Atlantico.
Per il sequestro e l'omicidio delle due suore il Capitano Astiz è stato condannato nel 2000 in Francia in contumacia alla pena dell' ergastolo. A nulla sono valse le tante richieste di estradizione che si sono succedute negli anni.

Un altro caso riguarda i 5 religiosi appartenenti all' ordine dei Padri Palotini che avevano sposato le tesi del Movimento dei Sacerdoti per il Terzo Mondo. Nel 1976 una patota fece una irruzione notturna nella parrocchia dove vivevano i religiosi di origine irlandese Pedro Dufau, Alfredo Leaden e Alfie Kelly, i seminaristi di origine spagnola Salvador Barbeito ed Emilio Barletti e li ammazzarono a sangue freddo. I giustizieri lasciarono scritto sulle pareti della parrocchia il motivo dell' esecuzione: "Questo succede a chi avvelena le menti dei giovani"

I gesuiti

La repressione si abbattè pesantemente sui religiosi che prestavano la loro opera nelle baraccopoli di Buenos Aires. A tutti fu ordinato dai loro superiori gerarchici, che appoggiavano apertamente la repressione, di abbandonare la missione nelle baraccopoli.
Jalics Francisco e Yorio Orlando Virgilio furono sequestrati nel maggio 1976 e liberati nell'ottobre dello stesso anno dopo essere stati detenuti e torturati nella ESMA.
Hanno testimoniato che il superiore dei gesuiti, Jorge Maria Bergoglio, attuale cardinale di Buenos Aires e primate di Argentina, li avrebbe avvisati del pericolo che stavano correndo se non avessero abbandonato il lavoro nelle baraccopoli.

I sacerdoti secolari.

Esisteva un accordo tra il cardinale di Buenos Aires Juan Carlos Aramburu e i militari che prevedeva l'intoccabilità dei sacerdoti secolari sovversivi.
Ma Pablo Maria Gazzarri, sacerdote secolare che aveva abbracciato le tesi dei Sacerdoti del Terzo Mondo, aveva deciso di lasciare il clero diocesano per entrare nella comunità di Pere Foucault molto attiva nelle baraccopoli di Buenos Aires.
Viene sequestrato nel novembre del 1976, lo stesso giorno in cui avrebbe dovuto entrare nella comunità.
Dalle testimonianze dei sopravissuti si è saputo che fu portato alla ESMA e tirato da un aereo nell' oceano nei primi giorni del 1977. Aveva 31 anni